Intonation gehört zu den wichtigsten Gebieten im Orgelbau. Beim Intonieren werden alle vorhergehenden handwerklichen Arbeiten und das Zusammenspiel der technischen Komponenten auf den Prüfstand gestellt. Bei Orgelbau Göckel intonieren ausschließlich Karl Göckel und Johannes Göckel, die Firmeninhaber. Schon beim Betreten des Raumes für den eine Orgel gebaut werden soll, muss Karl Göckel eine bestimmte Vorstellung des Klangbildes entwickeln. Seine Aufgabe ist es, das innere Klangbild nach außen zu übertragen und für ein gewissenhaftes Bearbeiten der Pfeifen zu sorgen. Dieser Anspruch geht weit über das normale Handwerk hinaus; es ist eine regelrechte Kunst, eine Orgel bestmöglich zu intonieren.